Le CERMES est un établissement public à caractère scientifique et technique nigérien. Il fait partie du Réseau international des Instituts Pasteur depuis 2003. A l’image des autres instituts faisant partie du RIIP, et conformément à son texte de création et à son plan d’action stratégique 2015-2017, les missions du CERMES sont triples :

• La Recherche
• La Santé Publique
• La Formation

Le CERMES comporte un Conseil d’Administration et un Conseil Scientifique et du point de vue exécutif,  un Président du Conseil d’Administration et une Directrice Générale.

Sous le contrôle de la Direction Scientifique (DS),  la recherche s’effectue au travers de ses 3 Unités de recherche :

• Unité de Bactériologie et de Virologie (UBV)
• Unité de Paludologie et d’Entomologie Médicale (UEM)
• Unité d’Epidémiologie Santé Environnement et Climat (UESEC)

Les activités de santé publiques sont réalisées au moyen de ses 4 Laboratoires Nationaux de Références (LNR)

• LNR résistances aux antipaludiques
• LNR méningite auquel est associé le laboratoire de production de bandelettes
• LNR Choléra
• LNR Grippe

Pour réaliser ses activités de formation, le CERMES dispose depuis février 2012 d’un centre de formation dénommé « Centre de Formation Pierre et Anne Moussa (CFPAM) ».